Em março de 2015, ele era auxiliar fixo do Peixe quando assumiu a vaga deixada após a demissão de Enderson Moreira. E o pedido da diretoria foi claro: ele precisava livrar o clube do iminente risco de queda no Campeonato Paulista , ampliado pelos salários atrasados e pela crise nos bastidores da Vila Belmiro.

No começo daquele ano, vários jogadores importantes haviam deixado o clube, como o zagueiro Edu Dracena, o goleiro Aranha e o volante Arouca.

Mesmo com um time em crise, Fernandes venceu seus dois primeiros jogos, incluindo um 2 a 1 sobre o Palmeiras, e foi efetivado no cargo, contando com o apoio dos principais medalhões do time alvinegro, que "bancaram" a permanência do antigo auxiliar como treinador.

"A diretoria me chamou para ser interino por dois jogos, um deles o clássico, e ganhamos ambos. Foi aí que comecei a acreditar que poderíamos ser campeões. Daí a torcida e os próprios jogadores entenderam que era hora de eu ficar, e eu abracei. Minha preparação foi colocada à prova, mas deu tudo certo no fim", disse Marcelo Fernandes ao ESPN.com.br , em 2016.

"Quando assumi, o papo que eu ouvia era esse, de lutar contra o rebaixamento, porque aconteceu a saída de vários jogadores e a troca de diretoria [Modesto Roma Jr havia acabado de assumir]. A gente tinha três meses de salários atrasados para funcionários, e mais sete meses de direitos de imagem atrasados para os jogadores", lembra.

Um dos principais elogios ao trabalho de Fernandes, além da conquista do título, foi o de consolidar diversos jovens da base, que eram seus antigos conhecidos, na equipe titular do Peixe, como o volante Thiago Maia, hoje no Flamengo, e o atacante Geuvânio.

Fernandes retribuiu a confiança dos atletas reabilitando o artilheiro Ricardo Oliveira, que vivia seca de gols e desandou a marcar depois que o interino foi efetivado como comandante.

Com uma ótima campanha de recuperação, o Santos chegou à final do Paulistão contra o Palmeiras. Após perder o jogo de ida por 2 a 1 no Allianz Parque, o time alvinegro venceu por 2 a 1 e sagrou-se campeão na disputa por pênaltis.

Após o Estadual, porém, o time alvinegro não começou bem e Dorival Junior assumiu como treinador. Marcelo voltou a ser auxiliar - sendo interino vários vezes entre as saídas dos técnicos - até 2022, quando foi demitido após a chegada de Lisca.

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Em agosto deste ano, ele voltou ao clube para o mesmo cargo que ocupou anteriormente. Após a demissão de Diego Aguirre, o técnico emendou duas vitórias seguidas no Campeonato Brasileiro, contra Bahia e Vasco, e tirou o time da zona de rebaixamento. Dessa forma, foi efetivado pelo Santos até o fim de 2023.

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