Os demais lances ocorreram já na segunda etapa, quando o São Paulo estava à frente do placar. O gol do Palmeiras foi marcado por Raphael Veiga em pênalti muito questionado pelos tricolores. Após uma bola levantada na área, Rafael disputou pelo alto com o zagueiro Murilo e o árbitro da partida nada marcou. Logo que a partida foi interrompida, a árbitra responsável por operar o VAR na partida, recomendou que Matheus Delgado Candançan fosse a cabine reanalisar o lance. Ao observar a disputa no monitor, a decisão foi alterada e o pênalti foi assinalado. Por fim, poucos minutos após o empate do Palmeiras, o Tricolor se lançou ao ataque e ficou na bronca pela não marcação de um suposto pênalti cometido por Piquerez em Luciano. No lance, a bola foi lançada para a área e o atacante são-paulino a dominou, protegendo a posse de costas para o marcador alviverde, que perdeu o equilíbrio e caiu sobre a perna de Luciano. Neste lance, o árbitro também mandou o jogo seguir e posteriormente foi recomendada a revisão pelo VAR.

As decisões da arbitragem deixaram tanto os jogadores do São Paulo, quanto os membros da comissão técnica e diretoria muito irritados e não faltaram reclamações por parte do São Paulo. O presidente Julio Casares disse: - Eu não queria estar de novo aqui para falar de arbitragem e VAR. Hoje é um conjunto desastroso. Já teve um pênalti marcado para o Santos que a Edina não tinha dado. Depois teve a expulsão do Arboleda contra o Braga. Hoje foi um absurdo, a FPF não pode atuar dessa forma, eu vi agora o auxiliar do árbitro xingando o Calleri, vi o auxiliar do Abel rindo e ironizando, chega do Abel apitar jogo Paulistãoo! Ou a FPF tem força ou a gente vai repudiar em todas as instâncias. Hoje foi uma vergonha o que vimos no Morumbi. Primeiro um pênalti absurdo e depois o árbitro foi ao VAR no pênalti do Luciano e se acovardou. Olha, a agressão ao Pablo que quase arrebenta o moleque era para vermelho direto, ele deu amarelo, mas e o VAR? Se omitiu. É um dia triste para o futebol paulista que é forte. Alisson completou: - Olha, é difícil bater sempre na mesma tecla quando tem erros assim, o presidente já falou, mas a gente fica chateado por estragar um clássico, sempre São Paulo e Palmeiras é um grande jogo e isso estraga, sem tirar o mérito nosso e do Palmeiras. Valorizar o que fizemos, uma ótima partida e a questão dos erros é ter alguma decisão para não acontecer novamente.