Zé Rafael expressou seu desejo de permanecer no Palmeiras, apesar de enfrentar dificuldades para ter espaço suficiente para seu futebol. Segundo relatos, o jogador está bem adaptado e feliz no clube, mas tem enfrentado a falta de oportunidades para mostrar seu potencial. Tanto a comissão técnica como a diretoria acreditam que o jogador chegou ao fim de um ciclo, perdendo a condição de titular em 2024. Sua queda técnica resultou em críticas, inclusive da torcida, e sua participação em partidas foi a menor desde que chegou ao clube em 2019.

Além disso, o volante enfrentou lesões que o afastaram dos gramados e viu a concorrência pela posição crescer. Sua trajetória no Palmeiras incluiu uma mudança de posição, de ponta para volante, e ele acumula 311 jogos e 25 gols pelo clube. Apesar das dificuldades recentes, Zé Rafael conquistou títulos importantes com o Verdão, como a Libertadores, o Brasileirão e a Copa do Brasil. Seu contrato vai até o final de 2026, e sua continuidade no clube está em discussão.