O volante havia negado as primeiras investidas do Santos, mas nos últimos dias houve um aumento nos valores, e ele aceitou os termos de contrato. Zé Rafael estava há seis temporadas no Palmeiras, conquistando 11 títulos ao longo desse período, mas em 2025 entrou na lista de negociáveis do clube alviverde.

No caso do volante, o Verdão abriu a possibilidade de ouvir propostas, mas entendendo que o meio-campista foi prejudicado no ano passado por atuar diversas vezes fora de posição e que ainda poderia ser aproveitado caso não interessasse pelas ofertas apresentadas. Ele deu quatro assistências e fez 37 partidas ao longo da última temporada, sendo a que menos atuou desde a chegada ao Verdão.

O meio-campista foi inscrito pelo Verdão no Paulista e por isso não pode defender o Peixe no Estadual, porque o regulamento determina que cada atleta só pode ser registrado por um clube na competição. É reforço, portanto, para a Copa do Brasil e o Brasileiro, mas isso não foi impeditivo na negociação.

Zé Rafael estreou com a camisa do Palmeiras na temporada de 2019. Ele deixa o clube com 311 partidas disputadas, 25 gols marcados e 11 títulos conquistados: quatro edições do Paulistão (2020, 2022, 2023 e 2024), duas edições da Conmebol Libertadores (2020 e 2021), duas edições do Brasileirão (2022 e 2023), uma Copa do Brasil (2020), uma Recopa Sul-Americana (2022) e uma Supercopa (2023).