Revelado pelo Maranhão, Jackson passou por clubes como Mogi Mirim, Goiás e Comercial antes de se destacar no Sport, onde chegou em 1997. No clube pernambucano, integrou um time vitorioso que conquistou o bicampeonato estadual (1997 e 1998) e brilhou no Campeonato Brasileiro de 1998, desempenho que lhe rendeu a Bola de Prata e convocações para três amistosos da seleção. O sucesso no Sport chamou a atenção do Palmeiras, que o contratou em 1999. No Verdão, Jackson fez parte do elenco campeão da CONMEBOL Libertadores daquele ano. Em 2000, transferiu-se para o Cruzeiro, onde conquistou a Copa do Brasil.

Ao longo da carreira, também defendeu Internacional, Gama, Paulista e Coritiba, clube no qual se destacou entre 2003 e 2004, antes de atuar no futebol dos Emirados Árabes. Retornou ao Brasil em 2004 para jogar pelo Ituano e, no ano seguinte, voltou ao Coritiba, onde permaneceu até o fim de 2006. Em 2007, Jackson assinou com o Vitória, ajudando o clube a conquistar o acesso à Série A e a garantir o tricampeonato baiano (2007-2009). Deixou o time em 2009 por conta de cortes salariais e teve uma breve passagem pelo Santa Cruz antes de acertar com o ABC, onde encerrou a carreira.