Carreira Revelado pelo Maranhão, Jackson passou por clubes como Mogi Mirim, Goiás e Comercial até ser contratado pelo Sport, em 1997. Fez parte de um super time do Leão, que conquistou o bicampeonato pernambucano (1997-1998). No Campeonato Brasileiro de 1998, teve grande desempenho e recebeu a Bola de Prata da revista Placar. Durante esse período, foi convocado para três amistosos com a Seleção Brasileira. O bom desempenho no Sport atraiu o interesse do Palmeiras, que o contratou em 1999 por 3 milhões de dólares.

Em 2007, assinou com o Vitória, onde ajudou o clube a subir para a Série A e conquistou o tricampeonato baiano (2007-2009). Em 2009, deixou o clube devido a cortes salariais. Após uma curta passagem pelo Santa Cruz, acertou com o ABC, onde foi peça-chave na conquista da Série C de 2010 e do Campeonato Potiguar de 2011, marcando um gol na final. Sem espaço no elenco que disputava a Série B, foi dispensado e encerrou sua carreira profissional.