A cirurgia foi realizada no dia 7 de fevereiro, no Hospital Albert Einstein, em São Paulo. No momento, ele está realizando fisioterapia no departamento médico do Santos. A previsão de recuperação é de cerca de 90 dias, quando o atleta deverá ficar à disposição do técnico Pedro Caixinha para as disputas do Campeonato Brasileiro e Copa do Brasil. Nascido em Ponta Grossa-PR, Zé Rafael foi revelado na base do Coritiba e começou a carreira profissional em 2012. Ainda passou por Novo Hamburgo e Londrina antes de chegar ao Bahia, em 2017, onde ganhou destaque.

Na equipe de Salvador, o volante atuou por duas temporadas, com 128 jogos, 18 gols e nove assistências. Em dezembro de 2018, foi contratado pelo Palmeiras. Foram seis anos no Verdão. Ao todo, foram 308 partidas, 25 gols e 25 assistências, além de dois títulos da CONMEBOL Libertadores (2020 e 2021), um da Recopa (2022), dois do Brasileirão (2022 e 2023), um da Supercopa do Brasil (2023), um da Copa do Brasil (2020) e quatro do Paulistão (2020, 2022, 2023 e 2024).

Zé Rafael chega é o 11º reforço santista anunciado em 2025. Anteriormente, o Santos já havia contratado os zagueiros Luisão e Zé Ivaldo, o lateral direito Leo Godoy, os meias Thaciano, Álvaro Barreal e Benjamín Rollheiser, e os atacantes Tiquinho Soares, Neymar, Gabriel Veron e Deivid Washington. O volante Thiago Maia deve ser o 12º a ser anunciado. Próximos jogos do Santos: Red Bull Bragantino (C) - 02/03, 20h45 (de Brasília) - Campeonato Paulista