Zé Rafael estava no Palmeiras desde 2019. Ao todo, foram 308 partidas, 25 gols e 25 assistências, além de 11 taças. Foram dois títulos da Libertadores (2020 e 2021), um da Recopa Sul-Americana (2022), dois do Brasileirão (2022 e 2023), um da Supercopa do Brasil (2023), um da Copa do Brasil (2020) e quatro do Paulistão (2020, 2022, 2023 e 2024). Ex-Palmeiras, Zé Rafael era um desejo antigo do Santos.

O clube da Baixada Santista tentou a contratação algumas vezes desde a reta final de 2024, mas estava com dificuldades para convencer o atleta. A diretoria, porém, subiu a oferta e viu a iminente chegada de Neymar ajudar o jogador ir para a Vila Belmiro. Zé Rafael passou por uma cirurgia na coluna no dia 7 de fevereiro devido a um problema no local que o incomodava desde a última temporada. Pelo Verdão, o jogador foi desfalque para Abel Ferreira durante o ano de 2024 devido à lombalgia. No momento, ele trabalha com a equipe de fisioterapia do Alvinegro Praiano, na parte interna do CT, e sem contato com bola. Quando vai para a área externa é apenas para andar pelo gramado e assistir ao treino dos colegas.