Estream direto na terceira fase os classificados para a CONMEBOL Libertadores (Botafogo, Palmeiras, Bahia, Internacional, Flamengo, São Paulo, Fortaleza e Corinthians), o campeão da última Série B do Brasileirão (Santos), o campeão da última Copa Verde (Paysandu), o vice-campeão da Copa do Nordeste (CRB -- o campeão, Fortaleza, teve a vaga pela Libertadores) e o Cruzeiro, que conquistou vaga via Campeonato Brasileiro.

O sorteio separou as 32 equipes em dois potes de acordo com posições no ranking de clubes da CBF. Cada time só poderia enfrentar um de outro pote. No pote 1 estão Flamengo, São Paulo, Palmeiras, Corinthians, Atlético-MG, Athletico-PR, Fluminense, Botafogo, Fortaleza, Grêmio, Bahia, Internacional, Red Bull Bragantino, Vasco, Santos e Cruzeiro. Já no pote 2 encontram-se Ceará, Criciúma, CRB, Vila Nova-GO, Operário-PR, Botafogo-PB, Brusque, Novorizontino, Paysandu, CSA, Náutico, Aparecidense, Retrô, Maringá, Capital-DF e Maracanã - CE.

Aqui estão os confrontos da terceira fase da Copa do Brasil: Operário-PR x Vasco, Fluminense x Aparecidense, Paysandu x Bahia, Botafogo x Capital-DF, Internacional x Maracanã-CE, Retrô x Fortaleza, Brusque x Athletico-PR, Ceará x Palmeiras, Maringá x Atlético-MG, Botafogo-PB x Flamengo, São Paulo x Náutico, Cruzeiro x Vila Nova-GO, Santos x CRB, Novorizontino x Corinthians, Criciúma x Red Bull Bragantino e CSA x Grêmio.

*Os times à esquerda, em negrito, jogarão a primeira partida em casa; as equipes à direita serão mandantes no jogo de volta.