Após o jogo, o São Paulo fez questão de emitir uma nota oficial, expressando sua insatisfação com a arbitragem. Dirigentes e o técnico Hernán Crespo também se manifestaram publicamente, ressaltando a indignação do clube em relação a vários lances duvidosos ocorridos durante a partida.

Ainda que tenha saído vitorioso, o Palmeiras também demonstrou seu desagrado em relação a um lance específico: a falta que não resultou na expulsão de Bobadilla logo no início do segundo tempo. Esse evento foi antecedente aos lances que provocaram as principais reclamações do time rival, intensificando a tensão nos bastidores do clássico.

O descontentamento do São Paulo se agravou com uma jogada protagonizada por Allan, que derrubou Gonzalo Tapia dentro da área. Mesmo diante dos apelos do elenco tricolor, o árbitro optou por não marcar pênalti, gerando um clima de indignação e protesto entre os jogadores do São Paulo.

Além desse lance, o segundo tempo contou com outros episódios controversos. O primeiro deles ocorreu quando Andreas Pereira recebeu cartão amarelo por uma entrada dura em Marcos Antônio. Posteriormente, Tapia se machucou em uma disputa com Gustavo Gómez, levantando questionamentos sobre a intensidade do contato.

Após o tumulto gerado no clássico, a Confederação Brasileira de Futebol (CBF) decidiu não divulgar o áudio do VAR referente aos lances mais questionados, o que apenas aumentou as incertezas e tensões envolvendo a arbitragem. Em uma medida drástica, a CBF afastou temporariamente o árbitro Ramon Abatti Abel e Ilbert Estevam da Silva, responsável pela análise do VAR, reconhecendo de maneira reservada que algumas reclamações do São Paulo eram procedentes, embora sem especificar quais.

Assim, o Choque-Rei não apenas deixou marcas no placar, mas também acirrou os ânimos entre os clubes e expôs as fragilidades do sistema de arbitragem no futebol brasileiro.