Contudo, a temporada de 2025 se revelou mais desafiadora do que as anteriores. Gómez experimentou um início de ano instável e, infelizmente, não pôde contribuir na primeira grande decisão da temporada: a final do Campeonato Paulista contra o Corinthians. O zagueiro sofreu uma lesão no ligamento colateral do joelho direito durante a semifinal contra o São Paulo, o que o deixou fora do jogo e o obrigou a assistir à derrota do Palmeiras, seu maior rival, à distância.

No que diz respeito ao desempenho ofensivo, Gustavo Gómez manteve sua consistência. Ao longo do ano, ele marcou seis gols e forneceu duas assistências. Entre suas conquistas, dois gols foram feitos na Copa Libertadores, o que o confirmou como o zagueiro com mais gols na história do torneio, totalizando 14. Isso o colocou também na terceira posição entre os maiores artilheiros do Palmeiras na competição continental.

Apesar de sua liderança em campo e dos recordes pessoais alcançados, 2025 não foi um ano vitorioso para Gustavo Gómez no Palmeiras. O time conquistou apenas o vice-campeonato paulista, foi eliminado pelo Corinthians nas oitavas de final da Copa do Brasil e perdeu duas finais: uma na Libertadores e outra no Campeonato Brasileiro, ambas para o Flamengo. No total, o zagueiro disputou 53 partidas na temporada, sendo titular em 51 delas, encerrando o ano como o oitavo jogador com mais jogos pelo clube.