Gómez começou o ano de forma instável e acabou desfalcando o Palmeiras na primeira grande decisão da temporada: a final do Campeonato Paulista contra o Corinthians. O zagueiro sofreu uma lesão no ligamento colateral do joelho direito durante a semifinal contra o São Paulo, o que o impediu de acompanhar, de campo, a derrota do Verdão para o maior rival.

Apesar de ter liderado a equipe nas últimas temporadas vitoriosas, Gustavo Gómez encerrou 2025 sem conquistar títulos pelo Palmeiras. Além de ter sido vice-campeão paulista, a equipe foi eliminada pelo Corinthians nas oitavas de final da Copa do Brasil e perdeu para o Flamengo em duas decisões: na final da Libertadores e no Campeonato Brasileiro. Este é apenas o segundo ano em que Gómez finaliza uma temporada sem levantar troféus, juntando-se a 2019 nesta condição.

No total, o zagueiro participou de 53 partidas pelo Palmeiras no ano, sendo titular em 51 delas. Dessa forma, Gómez encerrou a temporada como o oitavo jogador com mais jogos pelo clube em 2025. No que diz respeito ao aspecto ofensivo, o defensor manteve sua presença habitual em campo, marcando seis gols e fornecendo duas assistências ao longo do ano. Dentre seus gols, dois foram anotados na Libertadores, o que o fez se destacar como o zagueiro com mais gols na história da competição, totalizando 14. Além disso, o paraguaio ocupa a terceira posição entre os maiores artilheiros do Palmeiras na história do torneio continental.