O zagueiro teve um ano desafiador, especialmente após sofrer uma lesão no ligamento colateral do joelho direito durante a semifinal do Campeonato Paulista contra o São Paulo, que o deixou fora da final contra o Corinthians. Esse contratempo dificultou a trajetória do Palmeiras na temporada. Além disso, Murilo, seu parceiro mais constante na zaga, também enfrentou problemas físicos que o afastaram do campo por longos períodos. Como resultado, Gustavo precisou se adaptar e formar novas duplas defensivas com Bruno Fuchs e Micael, novos reforços contratados pelo clube em 2025, exigindo ajustes na dinâmica da defesa.

Apesar das adversidades, Gómez conseguiu retomar seu bom nível de jogo e se destacou em competições significativas. Durante o Mundial de Clubes, ele completou 350 partidas pelo Palmeiras no duelo contra o Inter Miami, embora tenha recebido um cartão vermelho nas oitavas de final contra o Botafogo, o que o impediu de participar da partida contra o Chelsea. No aspecto ofensivo, o zagueiro também foi relevante, marcando seis gols ao longo da temporada, sendo dois deles na Libertadores, tornando-se assim o defensor com mais gols na história do torneio e o terceiro maior artilheiro do Palmeiras na competição continental.

A temporada foi ainda marcada pela divisão entre os compromissos do clube e os da seleção paraguaia. Gómez perdeu algumas partidas do Palmeiras devido às datas FIFA, mas seu esforço foi recompensado com a classificação do Paraguai para a Copa do Mundo após 16 anos de ausência. Apesar de sua liderança em campo e das marcas individuais, Gustavo Gómez encerrou o ano sem conquistar títulos. O Palmeiras ficou com o vice-campeonato paulista, foi eliminado pelo Corinthians nas oitavas da Copa do Brasil e terminou como vice em duas finais importantes: Libertadores e Brasileirão. No total, ele disputou 53 partidas, sendo titular em 51, reafirmando sua importância e protagonismo no elenco.