Sua trajetória no futebol começou no Fluminense, onde em 2016 foi inicialmente avaliado em apenas € 100 mil, com 21 anos. Esse valor se manteve até o final de 2017, mas logo no início de 2018 houve um pequeno recuo, quando sua avaliação caiu para € 600 mil. A mudança de ares, com a transferência para o Atlético-GO, trouxe novas oportunidades. Em abril de 2020, sua avaliação aumentou para € 750 mil e, em maio de 2021, alcançou a marca de € 1 milhão, um impulso significativo na sua carreira.

Em dezembro de 2021, o valor de Marlon Freitas atingiu € 1,7 milhão, e a partir de então, ele viu sua avaliação crescer continuamente. Já no Botafogo, em abril de 2023, foi avaliado em € 2,7 milhões. Em julho, esse número subiu para € 3 milhões e, em dezembro, alcançou € 3,5 milhões. Em 2024, embora sua avaliação tenha se estabilizado em € 4 milhões em setembro, ele teve um auge histórico em dezembro, atingindo € 7 milhões.

O desempenho de Freitas tem sido notável, e mesmo após uma leve queda para € 6 milhões em junho de 2025, o jogador continua sendo uma figura proeminente no cenário do futebol brasileiro. Seu futuro ainda é incerto, mas uma transferência para o Palmeiras pode ser o próximo capítulo na carreira de um meio-campista que já passou por uma incrível valorização ao longo dos anos.