O jogo entre Palmeiras e São Paulo teve um primeiro tempo marcado por uma polêmica de arbitragem no Allianz Parque. Na semifinal do Paulistão, o árbitro Flávio Rodrigues de Souza marcou um pênalti para o Palmeiras, o que gerou muitas reclamações dos jogadores do São Paulo.
Segundo o ex-árbitro Sálvio Spínola, a penalidade não deveria ter sido marcada. Ele analisou a situação: "O Arboleda recolhe a perna, ele até escorrega, coloca o pé na frente quando o Vitor Roque vai passar, mas recolhe a perna. Para mim, não é pênalti. E ele nem dá vantagem, já marcou o pênalti. Pela imagem, dá para ver claramente que o Arboleda recolhe a perna e o Vitor Roque cai. Não é pênalti", destacou Sálvio em entrevista à Record.
A situação ocorreu aos 44 minutos do primeiro tempo, quando o goleiro Rafael errou na saída de bola, e Vitor Roque aproveitou. O atacante do Palmeiras caiu no gramado após choque com Arboleda, e o árbitro assinalou a penalidade. Raphael Veiga converteu a cobrança e deixou o time de Abel Ferreira à frente do placar.

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