A trajetória de Borja no Palmeiras foi marcada por altos e baixos, além de muitas críticas vindas da torcida. O atacante foi contratado em 2017, após ser artilheiro e campeão da Libertadores de 2016 com o Atlético Nacional, por cerca de 10,5 milhões de dólares (aproximadamente R$ 33 milhões na época) por 70% de seus direitos econômicos. Apesar das expectativas, não conseguiu manter uma regularidade, acumulando críticas por perder gols importantes.

Seu destaque mais significativo ocorreu na Libertadores de 2018, onde se sagrou artilheiro do torneio ao marcar 9 gols. Ao todo, Borja disputou 112 partidas com a camisa do Palmeiras, anotando 36 gols e fornecendo 7 assistências. Contudo, esses números não foram suficientes para garantir uma posição de titular, o que culminou em empréstimos ao Grêmio e ao Junior Barranquilla, na Colômbia, onde recuperou parte do seu bom futebol.

Em 2022, o atacante se juntou ao River Plate, onde rapidamente se destacou. Em 2024, ele viveu seu auge, somando 31 gols e 4 assistências em 49 jogos, sendo fundamental no setor ofensivo da equipe. Mesmo na temporada de 2025, onde perdeu um pouco de espaço, Borja ainda acumulou bons números: 41 partidas, 7 gols e 3 assistências até o presente momento. Seus totais com o River somam 152 jogos, 61 gols e 10 assistências, resultando em 71 contribuições diretas para os gols da equipe.

Comparando os desempenhos de Borja nos dois clubes, fica evidente sua evolução. O atacante apresenta um aproveitamento de 40,1% em gols no River Plate, significativamente superior aos 32,1% que obteve no Palmeiras. A média de gols por jogo também é melhor, com 0,40 pelo River, contra 0,32 pelo Verdão.Mesmo em uma fase menos destacada neste ano, Borja se firmou como um jogador importante para o River Plate, superando os números de sua passagem pelo Palmeiras, onde não conseguiu atender às expectativas da diretoria e da torcida.