No entanto, o ano apresentado se revelou mais desafiador do que suas temporadas anteriores. Gómez começou a temporada de maneira irregular e acabou desfalcando o Palmeiras em sua primeira grande decisão: a final do Campeonato Paulista, contra o Corinthians. Uma lesão no ligamento colateral do joelho direito, sofrida durante a semifinal contra o São Paulo, o impediu de atuar, forçando-o a assistir à derrota do Verdão contra o seu maior rival a partir do banco de reservas.

Além desse revés, a situação se complicou ainda mais quando seu parceiro de zaga habitual, Murilo, também passou a sofrer com problemas físicos, perdendo espaço no time. Diante das circunstâncias, Gómez se viu na obrigação de formar novas duplas de zaga com os recém-contratados Bruno Fuchs e Micael, o que exigiu um processo de adaptação para a defesa palmeirense.

Apesar das adversidades, o capitão recuperou seu nível e destacou-se principalmente no Mundial de Clubes, onde alcançou a marca de 350 partidas com a camisa do Palmeiras. Infelizmente, sua participação no torneio foi interrompida quando foi expulso nas oitavas de final contra o Botafogo, impedindo-o de estar presente no confronto das quartas de final contra o Chelsea, que resultou na eliminação da equipe.

No aspecto ofensivo, Gómez manteve sua habitual presença em campo, anotando seis gols e fornecendo duas assistências ao longo da temporada. Com isso, ele se tornou o zagueiro com mais gols na história da Libertadores, totalizando 14, posicionado também como o terceiro maior artilheiro do Palmeiras na competição continental.

A temporada de Gustavo Gómez foi marcada por uma constante divisão entre os compromissos do clube e da seleção paraguaia. Ele perdeu várias partidas do Palmeiras devido às datas FIFA, mas essa dedicação foi recompensada quando o Paraguai garantiu seu retorno à Copa do Mundo após 16 anos de ausência.

Entretanto, apesar da sua liderança em campo e dos vários recordes individuais conquistados, 2025 foi um ano frustrante para Gómez, que finalizou a temporada sem títulos pelo Palmeiras. Além de terminar como vice-campeão no Campeonato Paulista, a equipe também foi eliminada pelo Corinthians nas oitavas de final da Copa do Brasil e ficou com o segundo lugar no Campeonato Brasileiro e na final da Libertadores, ambas perdidas para o Flamengo. Ao todo, o zagueiro disputou 53 partidas, sendo titular em 51, encerrando o ano como o oitavo jogador com mais jogos pelo clube no ano.